Kamuoyunda, özellikle de Liselere Giriş Sınavları sürecinde, hemen hemen bütün velilerin deneyimlediği ‘Proje Okulları” mevzuattaki ismiyle özel program ve proje uygulayan okulların yasal dayanağı 652 Sayılı Kararnamenin 37.maddesinin 9.fıkrasıdır.  
Bu fıkrada yurt içi veya yurt dışında, yerli veya yabancı kurum ve kuruluşlarla veya başka ülkelerle işbirliği anlaşması çerçevesinde kurulan ve ulusal veya uluslararası proje yürüten okul ve kurumlar, Bakan onayı ile proje okulu  olarak seçilen ve belirli eğitim reformu ve programları uygulanan okul ve kurumlar ile Bakan onayıyla doğrudan Bakanlık merkez teşkilatına bağlanan kurumlara yapılacak öğretmen atamaları ve yönetici görevlendirmelerinin Bakan tarafından yapılacağı kurala bağlanmıştır. Bu fıkraya dayanılarak 01.09.2016 tarihinde ‘Milli Eğitim Bakanlığı Özel Program ve Proje Uygulayan Eğitim Kurumları Yönetmeliği’ yayımlanmıştır. Bu yönetmelikte proje okullarının nasıl belirleneceği, bu okullara öğretmen atamalarının ve yönetici görevlendirmelerinin nasıl yapılacağı ve nasıl sona ereceği, proje okulu müdürlerinin her eğitim-öğretim yılı sonunda yıl boyunca yapılacak yapılan faaliyetler, özgün uygulamalar, elde edilen kazanımlar ve önerilerin yer aldığı rapor hazırlayarak ilgili genel müdürlüğe göndereceği belirtilmiştir.
Proje okulları yürürlüğe girdikten sonra birçok hukuksal ihtilafa neden olmuş, çeşitli davalar açılmıştır. Bu davaların temel nedeni, proje okullarına öğretmen ve yönetici seçiminde duyuruya yer verilmemesi, bu görevlilerin keyfi bir şekilde seçilmesidir.
Yönetmeliğin öğretmen ve yönetici görevlendirme ile ilgili hükümleri şu şekildedir;
Öğretmen atama MADDE 13 – (1) Bu Yönetmelikte aranan şartları taşıyan öğretmenler arasından eğitim kurumunun bağlı bulunduğu genel müdürlüğün inhası, İnsan Kaynakları Genel Müdürlüğünün teklifi ve Bakanın onayı ile dört yıllığına atama yapılır. Eğitim kurumunun bağlı bulunduğu genel müdürlükçe belirlenen kriterlere göre görevinde başarı gösteren öğretmenlerin görev süresi ilk atamadaki usulle dört yıl daha uzatılabilir.
(2) Proje okullarına 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 38 inci maddesine göre öğretim elemanları ders vermek üzere görevlendirilebilir. Görevlendirilecek öğretim elemanlarında bu Yönetmelikte belirtilen şartlar aranmaz.
Yöneticiliğe görevlendirme
MADDE 14 – (1) Bu Yönetmelikte aranan şartları taşıyan yöneticiler arasından eğitim kurumunun bağlı bulunduğu genel müdürlüğün inhası, İnsan Kaynakları Genel Müdürlüğünün teklifi ve Bakanın onayı ile dört yıllığına görevlendirme yapılır. Eğitim kurumunun bağlı bulunduğu genel müdürlükçe belirlenen kriterlere göre görevinde başarı gösterenlerin görev süresi ilk görevlendirmedeki usulle dört yıl daha uzatılabilir.
(2) Proje okullarına en az doktora düzeyine sahip olmak kaydıyla 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 38 inci maddesine göre öğretim üyeleri yönetici olarak görevlendirilebilir. Görevlendirilecek öğretim üyelerinde bu Yönetmelikte belirtilen şartlar aranmaz
İlk olarak bu yönetmeliğin bazı hükümlerinin iptali ve yürütmesinin durdurulması istemiyle açılan davada Danıştay İdari Dava Daireleri Kurulu'nun 18.10.2017 gün ve YD İtiraz No:2017/840 sayılı kararıyla yürütmeyi durdurma kararı vermiştir. Anılan kararda bu yönetmeliğin "Öğretmen olarak atanacaklarda aranacak genel şartlar" başlıklı 8.maddesi ile "Yönetici olarak görevlendirileceklerde ve öğretmen olarak atanacaklarda aranacak özel şartlar" başlıklı 10.maddesinde öğretmen atamalarında duyuruya yer verilmemesine ilişkin eksik düzenlemenin, "Yönetici olarak görevlendirileceklerde ve öğretmen olarak atanacaklarda aranacak özel şartlar" başlıklı 9.maddesi ile "Yönetici olarak görevlendirileceklerde ve öğretmen olarak atanacaklarda aranacak özel şartlar" başlıklı 10.maddesinde yönetici olarak görevlendirilecekler  için duyuruya yer verilmemesine ilişkin eksik düzenlemenin yürütmesi durdurulmuştur. 
Milli Eğitim Bakanlığı adı geçen yönetmelikte yaptığı 06.07.2018 günlü, 30470 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan değişiklikte anılan Danıştay kararına uygun değişiklik yapmamıştır.  Böylece aynı zamanda yargı kararlarını uygulamama eğilimi ısrarlı bir çabaya dönüşmüştür. Bu nedenle tekrar aynı konuda dava açılmış ve Danıştay 2.Dairesi 21.11.2018 gün ve E: 2018/3043 sayılı kararıyla aynı maddelerle ilgili aynı gerekçelerle tekrar yürütmeyi durdurma kararı vermiştir. Bu nedenle anılan yürütmeyi durdurma kararları uyarınca bu kararların bakanlığa tebliğinden sonra duyuru yapmadan özel program ve proje uygulayan eğitim kurumlarına öğretmen atamasının ve yönetici görevlendirmesinin dayanağı yoktur. Anılan yürütmeyi durdurma kararlarının bakanlığa tebliğ tarihinden itibaren bu liselere yapılan her öğretmen ataması ve her yönetici görevlendirmesi anılan yargı kararlarının etkisiz hale getirilmesidir ve aynı zamanda 5237 sayılı yasa hükümlerine göre suçtur.  
29.03.2017 günlü Bakanlık Olur’u ile Milli Eğitim Bakanlığınca proje okulu olarak nitelendirilen Tematik Mesleki ve Teknik Anadolu Liselerine Usul ve Esaslar yürürlüğe konmuştur. Söz konusu esaslara ilişkin açılan davada Danıştay benzer gerekçelerle iptal kararı vermiştir.  
Gelinen aşamada 2016 yılından bu yana yürürlükte olan proje okullarına öğretmen ve yönetici seçiminde keyfi uygulamalara gidilmiş, bu okullara öğretmen ve yönetici seçiminde yürürlükte olan Millî Eğitim Bakanlığı Öğretmen Atama ve Yer Değiştirme Yönetmeliği ve Millî Eğitim Bakanlığına Bağlı Eğitim Kurumlarına Yönetici Seçme Ve Görevlendirme Yönetmeliği dikkate alınmadan atama ve görevlendirmeler yapılmıştır. 
Bu durum bir milyonu aşkın öğretmen ve binlerce yöneticinin vicdanını yaralamaktadır. Bu nedenle Milli Eğitim Bakanlığı bir an önce bu proje okulları yönetmeliğinin öğretmen ve yönetici görevlendirme hükümlerini yürürlükten kaldırmalı, varolan öğretmen ve yönetici görevlendirme yönetmeliklerine göre işlem yapmalıdır.