2015 yılında, okul müdürü M.U., Samanlı'nın şirketinin bazı hizmetleri eksik verdiğini tespit ederek tutanak tuttu. Bu durumdan haberdar olan Samanlı, 11 Mart 2015'te okul müdürünü arayarak tehdit ve hakaret içerikli sözler sarf etti. Samanlı'nın, "Seni de yakacağız. Sen öldün, bittin. Bu şartları da yerine getirmeyeceğiz," şeklinde ifadeler kullandığı iddia edildi.
M.U., bu tehditler üzerine savcılığa suç duyurusunda bulundu. Malatya Hekimhan Cumhuriyet Başsavcılığı, 21 Mayıs 2015 tarihinde Mesut Samanlı hakkında ‘tehdit ve hakaret’ suçlamasıyla iddianame hazırladı. Davanın Hekimhan Asliye Ceza Mahkemesi'nde görülmesi sırasında, Samanlı'nın benzer suçlardan daha önce de ceza aldığı ve çok sayıda adli sicil kaydının olduğu ortaya çıktı.
İlk yargılamada, mahkeme Samanlı'yı hakaret suçundan 1 yıl 3 ay, tehdit suçundan ise 9 ay hapis cezasına çarptırdı. Ancak Samanlı, bu karara itiraz etti ve Yargıtay 4'üncü Ceza Dairesi, basit yargılama usulü konusunda değerlendirme yapılmadığı gerekçesiyle kararı bozdu. Yeniden görülen davada, Samanlı'ya kamu görevlisine hakaret suçundan 6 ay 22 gün hapis cezası verildi. Bu ceza kesinleşti.
Mesut Samanlı, 17 Mart 2024'te yapılan MHP 14. Olağan Büyük Kurultayı'nda MYK üyesi seçildi.